由于核酸在260 nm附近有強吸收，而蛋白質在280 nm附近有強吸收，從生物體內提取核酸時，常用OD260/OD280比值來評價核酸純度 (比值在1.8～2.0之間)，這一判斷是基于序列中A、G、C、T所占比例大致相同時的結果。而合成的DNA/RNA則不同，序列很短 (通常在20～30個堿基之間)，其中A、G、C、T各種堿基所占比例很不相同，由于各種堿基的摩爾消光系數不同，因此不同堿基構成的合成DNA/RNA制品的OD260/OD280比值也不同，例如當序列中C、T堿基的含量高時，該比值會大大低于1.8。此外，序列中堿基的排列順序也影響該比值。所以不能根據OD260/OD280比值來評價合成DNA/RNA制品的純度。

Oligo DNA的電泳一定要使用變性PAGE電泳。Oligo DNA是單鏈DNA，容易形成復雜的立體結構，因此進行Agarose電泳時，容易出現多條泳帶 (更無法用Agarose電泳進行定量了)。

A、G、C、T的組份不同，電泳速度不同； DNA的立體結構不同，電泳速度不同。 這種情況在Oligo DNA越短時越容易發生，長鏈Oligo DNA之間差別越小。

沒有，5' 和3' 末端均為-OH基。如需要加磷酸基團，訂貨時請特別注明，此時需收取磷酸化 (PO4修飾) 的費用。

不能。 因為EtBr是通過嵌入到核酸的雙螺旋間而使其著色的。合成的DNA/RNA分子為單鏈，只有通過自身回折形成局部發夾環結構或鏈間形成部分雙螺旋結構，才能被EtBr染色。由于不同制品的序列不同，形成雙螺旋的能力不同，因此染色能力不盡相同，也就不能根據EtBr染色帶的亮度來對合成的DNA/RNA進行定量。

兩條引物退火成功率達不到百分之百，里面會存在單鏈引物，引物退火后跑膠有雜鏈很正常，不能以此來判斷單鏈引物純度。

連接反應的引物如果沒有5’磷酸基團，連接效率相對較低，但不是完全不能成功。 如果磷酸化的產物還不能連接載體上，需要檢查載體的酶切效果以及核對引物的設計方案，如果都沒有問題就要考慮改善引物退火的條件以及連接反應體系。

合成DNA的長度為6～130個堿基；合成RNA的長度為8～35個堿基。當合成的DNA序列較長時，由于合成及純化方法的限制,很難保證制品中每個序列都正確無誤。此外需要說明的是：如果待合成序列比較特殊 (例如多個“G”連續出現等)，合成收率相對較低，我們可能會根據具體情況加收費用；有時我們也可能無法合成訂購的序列，此時本公司保留不接受定單的權利。

干燥制品很穩定，-20℃下保存2年沒問題。 溶解后的DNA也請保存于-20℃，最好是分份保存，避免反復凍融。 溶液中的Oligo DNA在常溫下放置3～4天應該沒問題，但最好不要放置一個星期以上。其壽命與容器、溶劑的滅菌程度有關。

干燥制品如能存放于-80℃是最理想的，如不能請于-20℃保存，保存2年沒問題。 溶液狀態的RNA最好保存在-80℃，如無條件，請保存于-20℃。

如果您溶解引物的水PH過低或污染了菌或核酸酶，會使引物降解。使用時沒有充分解凍混合，液體不均勻也可能會造成引物加入量不準確。建議分裝引物，避免反復凍溶。建議使用10mM Tris pH7.5緩沖液溶解引物，因為有些蒸餾水的pH值比較低（pH4-5）, 引物在這種條件下不穩定。還有一種可能性是引物沒有問題，而是PCR使用材料特別是模板的質量與先前使用的不完全一致。

合成的引物和您的定單序列一致，而不是能否擴增出您所需要的產物。

合成Oligo DNA時，盡量選用高純度級制品。 避免使用過長的Oligo DNA，最好選用小于35 mer的合成DNA制品。 進行克隆實驗時，每次克隆都須進行測序驗證，以保證序列的正確性，然后再進行進一步實驗。進行蛋白表達實驗時，尤其需要注意。

所有的制品純化后都要進行脫鹽，脫鹽是使用C18柱進行的，偶而會有微量的樹脂溢出而進入制品。樹脂不影響任何反應結果，請稍許離心后取上清使用。

由于一般的PCR用引物的5′ 末端都沒有磷酸基團，因此，擴增后的PCR產物的5′ 末端也沒有磷酸基團。當克隆于去磷酸化的末端平滑載體時，無法克隆進去；而當克隆于非去磷酸化的末端平滑載體時，背景會極高。此時請對PCR產物的5′ 端進行磷酸 (PO4修飾) 化處理。

PCR反應失敗的原因很多，可以從以下幾個方面考慮。 1. 引物和模板是否配對，同源性有多大? 2. 引物本身是否有立體結構，或者二條引物之間是否形成高次結構? 3. PCR反應用試劑是否能正常工作? 4. PCR儀是否工作正常? 5. PCR反應條件是否合適? 如果一切正常，還無法解決問題時，我們可以免費重新合成引物。如果重新合成的引物也無法解決問題時，請把引物和模板寄送給我們公司，我們可以幫助摸索PCR反應條件。

基本不是。當今發展出各色各樣的PCR擴增技術，各色各樣的高溫聚合酶，就是來解決PCR擴增中遇到的擴不出，擴增效率低的問題。如槽式PCR就是擴增那些拷貝數很低的基因片段。 有些重復片段的擴增, GC含量高的片段，非要采用特殊擴增手段才能擴增出了。 引物擴增不出，主要是下列兩種情況比較常見： RT-PCR。請注意，很多基因通過常規RT–PCR方法是很難不增出來的。 RT- PCR成功的關鍵在于RT的反應的RNA質量和目標基因在特定組織和細胞中含量。 從基因組中擴增。一般情況下，基因在基因組中都是單拷貝，基因組作為模板需要嚴格控制用量。基因組DNA過高，會影響反應體系中的Mg和pH。

由于核酸在260 nm附近有強吸收，因此常根據此性質，用紫外分光光度計測定核酸溶液在260 nm的吸光度值，據此對核酸進行定量，用OD值來表示。1 OD是指：置于光路長度為1 cm的比色皿中的DNA/RNA溶液，如果其在260 nm處的吸光度值為1，則稱1 ml該溶液中溶解的DNA/RNA的量為1 OD。1個OD值的合成DNA/RNA的質量約為33 μg。將DNA/RNA溶液進行適當稀釋，使吸光度測定值與樣品濃度的關系在直線范圍內，再根據原溶液的總體積與稀釋倍數計算該溶液的總OD值。 例如，一個200 μl的DNA/RNA溶液，如果對其進行6倍稀釋，測定值為1.0時，則該溶液的總OD值為：0.2 ml×6×1.0 OD/ml=1.2 OD 。

金開瑞目前使用的是ABSCIEX的5600 plus質譜儀和 Q Exactive? HF 組合型四極桿-Orbitrap MS。儀器性能：1靈敏度高：達到高端QQQ的MRM的定量靈敏度；2高分辨：全質量范圍內至少30000的分辨率；3高質量準確度：外標1 ppm；4超快的分析速度：掃描速度每秒一百張MS或MS/MS圖譜，是其它高分辨質譜的5-10倍，達到三重四級桿MRM的掃描速度；5定量線性范圍寬：超過4個數量級。