客戶文獻分享 | IF=8.022,藍莓類外泌體囊泡及其富集的miRNA跨界調控人源基因功能分析
影響因子:8.022/Q1
合作項目:外泌體的提取、鑒定、測序以及個性化分析
細胞的微環境中主要包含著三種細胞外囊泡(EVs),分別是:外泌體(Exosome,Exo)、微泡(Microvesicles,MV)和凋亡小體(Apoptotic bodies,AB),其中外泌體是幾乎所有類型細胞分泌的內源性納米顆粒的重要組成部分。
它是一種小的杯狀或泡狀的囊泡結構,直徑約為30~150 nm,密度為1.13-1.19 g/ml,它能調節不同類型細胞之間的相互作用,并包含各種成分(包括DNA、RNA、蛋白質、脂質等)。
此外,它可以提供一種循環的、可追蹤的特異性標記,在細胞生理學、病理學和臨床診斷應用中展現出巨大的潛力。
近年來,植物類外泌體受到越來越多的關注,尤其是它對人類基因的跨界調控作用,以及其本身的天然載體作用。
我公司前期助力華中農業大學袁方教授研究團隊,采用尺寸排阻色譜法和超速離心法成功從藍莓中提取出類外泌體囊泡(blueberry exosome-like nanoparticles, B-ELN),并對其內部富集的miRNA進行測序和基因組分析。
基于尺寸排阻色譜法提取的B-ELN
在本研究中超速離心法和尺寸排阻色譜法都成功提取到了藍莓類外泌體囊泡。經過動態光散射(DLS)檢測,測得提取出的類外泌體囊泡平均粒徑為119 nm,在透射電鏡(TEM)視野下,我們可以明顯看到“茶托樣”或“杯狀”的囊泡結構。
通過尺寸排阻色譜法提取的不同組分B-ELN粒徑分布
超速離心提取的B-ELN粒徑、電鏡檢測以及RNA測序和富集分析
目前已有不少研究表明,植物外泌體中的miRNAs可通過飲食途徑到達人類的血液系統,經過循環途徑,到達全身各處器官,通過影響相關通路和調控轉錄來發揮調節作用。
但由于植物來源的多樣性,這些miRNA的功能在很大程度上仍是未知的。
本課題在提取的B-ELN和藍莓組織樣本中,共鑒定出318個miRNA,其中差異表達的miRNAs有89個,包括36個上調和53個下調的miRNA。
通過qRT-PCR驗證,發現qRT-PCR的表達結果與RNA-seq的表達結果高度相關,表明RNA-seq數據可靠,適合進一步分析。
KEGG富集通路分析
隨后,團隊通過對36個上調miRNA的通路富集分析預測出了其與人類靶基因密切相關的57個GO生物過程和336個KEGG通路,提示B-ELNs中富集的miRNA可跨界調控人源基因。
分子功能注釋中最富集的GO terms是結合活性和催化活性,KEGG注釋結果顯示相關性最高的通路是傳染性疾病和癌癥,并且16個KEGG通路與人類的消化系統密切相關。
上述研究結果為我們進一步探索植物源基因的跨界調控功能提供了理論依據。
我公司聚焦于提供外泌體的個性化定制服務,致力于為您的科研之旅保駕護航。
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