DNA pull down 技術是體外研究DNA與蛋白質互作的有力工具。該技術針對目標區域設計特異性DNA探針并經過脫硫生物素標記,標記后探針可以和偶聯在磁珠上的鏈霉親和素親和結合,再與總蛋白提取物進行孵育,有互作的蛋白質可以和DNA探針特異性結合,形成磁珠-DNA探針-蛋白復合物,洗滌去除非特異性結合的蛋白質,再經過洗脫得到目的DNA探針-蛋白質復合物,最后通過Western Blot或質譜(MS)鑒定蛋白質類型。其原理圖如1.1:

Q:通過pull-down 后銀染驗證發現，沒有想要的目的條帶?

1)有可能是樣品被蛋白酶降解，對應的策略是需要添加蛋白酶抑制劑，所有操作保持 4℃以下冰上操作并防止凍融；

2)有可能是加入生物素標記DNA 量不足，可以增加生物素標記DNA 量；

3)裂解液鹽堿度太高，需用低鹽堿度的裂解液；

4)加入細胞裂解液不夠，可以增加細胞裂解量。

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