label free定量蛋白組
- Label free
- 質譜分析次數
- 質譜峰強度
- 高通量蛋白質組學
服務特色
Label-free定量蛋白組學是一種常用的蛋白質定量方法，無需使用同位素標記劑，通過比較質譜分析次數或質譜峰強度來推斷蛋白質的相對表達水平，為高通量蛋白質組學研究提供了簡便高效的定量策略。
服務介紹
Label-free是通過比較質譜分析次數或質譜峰強度，分析不同來源樣品蛋白的數量變化，認為肽段在質譜中被捕獲檢測的頻率與其在混合物中的豐度成正相關。蛋白質被質譜檢測的計數反映了蛋白質的豐度，通過適當的數學公式可以將質譜檢測計數與蛋白質的量聯系起來，從而對蛋白質進行定量。按照其原理主要分為兩種，第一種spectrum counts類的非標記方法，發展比較早，已經形成多種定量算法。但是主要的原理是以MS2的鑒定結果為定量基礎，各種方法的差別在于后期算法在大規模數據上的修正。第二種非標記定量的原理是以MS1為基礎，計算每個肽段的信號強度在LC-MS上的積分。
服務優勢
- 無需標記，操作簡單；
- 不受比較樣品數限制；
- 對實驗操作穩定性、重復性要求高；
- 準確性較標記定量略低；
- 要求至少做三次技術重復或生物重復。
服務流程
客戶提供
需鑒定的樣品；
樣品信息單：需詳細填寫樣品來源、含量、狀態及其他基本信息。
最終交付
- 實驗報告一份，含具體實驗流程及蛋白質組鑒定及定量結果（生物信息學分析）。
- 生物信息學分析內容包括：
- Label-free定量：包括定量信息統計、蛋白質定量結果及肽段定量統計；
- 功能注釋：包括GO注釋、COG注釋和Pathway代謝通路注釋；
- 差異蛋白的富集分析：包括差異蛋白的GO富集分析和差異蛋白的Pathway富集分析。
服務說明
|
平臺 |
產品類型 |
項目周期 |
技術指標 |
樣本數量（單次送樣個數） |
|
3D平臺 |
Label-free定量蛋白質組 |
30個自然日 |
單個餾分90min?精度質譜分析；常規細胞和組織樣本（??豐度蛋?樣本） |
<20 |
|
20≤X≤50 |
||||
|
>50 |
||||
|
4D平臺 |
30個自然日 |
tims TOF pro，單個餾分1h，?精度質譜分析 |
<20 |
|
|
20≤X≤50 |
||||
|
>50 |
案例展示
常見問題與解析 (Q&A)
這是由于Label free 的定量原理決定的，Label－free為非同位素標記技術，樣品內沒有同位素標簽，每個樣本單獨酶解后，依次獨立進行色譜分離和質譜分析，后續通過比較不同樣本中相應肽段的信號強度，來對肽段對應的蛋白質進行相對定量，所以無論任何樣本類型，只要是同一蛋白或基因，都可以比較。
相關資源
1、Label-free定量蛋白組學的技術流程
● 樣品制備： 收集不同樣本的細胞或組織，進行蛋白質提取，將樣品進行消化，得到蛋白質肽段。
● 液相色譜（LC）分離： 使用高性能液相色譜（LC）將蛋白質肽段進行分離，通常采用梯度洗脫。
● 質譜分析： 使用質譜儀對LC分離后的蛋白質肽段進行鑒定和定量。每個肽段在質譜中會產生一個特征峰，峰面積或峰高可以反映該肽段的相對豐度。
● 數據分析： 使用專門的蛋白質組學數據分析軟件對質譜數據進行解析、比較和定量。通常采用峰面積或峰高作為定量指標，計算不同樣本中蛋白質的相對表達水平。
● 生物學解釋： 對數據進行生物學解釋，通過差異分析和富集分析等方法，找出在不同樣本中表達差異顯著的蛋白質，尋找生物標志物，研究細胞信號通路等。
2、Label-free定量蛋白組學在生物學和醫學研究中有廣泛的應用
● 生物標志物發現：Label-free定量可以用于比較疾病樣本和正常對照樣本中蛋白質表達的差異，有助于尋找與疾病相關的生物標志物，用于疾病的早期診斷和預測。
● 藥物發現和評估：該技術可用于評估藥物對細胞或組織中蛋白質表達的影響，幫助篩選和評估潛在的藥物靶點，并了解藥物的作用機制。
● 細胞信號通路研究：通過Label-free定量蛋白組學，可以研究細胞信號通路中的蛋白質表達變化，揭示細胞的生理和病理過程。
● 蛋白質相互作用網絡：Label-free定量蛋白組學可用于探索蛋白質之間的相互作用網絡，幫助理解蛋白質功能調控的復雜機制。
● 疾病機制研究：Label-free定量蛋白組學可用于比較不同疾病樣本之間的蛋白質表達差異，揭示疾病發生和發展的潛在機制。
● 系統生物學研究：該技術可以為系統生物學研究提供重要的數據，幫助構建蛋白質相互作用網絡和代謝途徑，深入了解生物體內復雜的生物過程。
3、在Label-free定量蛋白組學的數據分析過程中，可以用到的一些數據庫和資源庫：
● UniProt: 提供豐富的蛋白質序列和功能信息，可以用于蛋白質鑒定和注釋。網址：www.uniprot.org/
● NCBI Protein: 美國國家生物技術信息中心的蛋白質數據庫，提供各種生物體中已知的蛋白質序列和相關信息。網址：www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/
● PeptideAtlas: 提供全球人類蛋白質組學數據的資源庫，包括質譜數據、肽段鑒定和定量信息。網址： www.peptideatlas.org/
● PRIDE數據庫: 提供蛋白質質譜數據的公共存儲庫，有助于數據共享和互相比較。網址：www.ebi.ac.uk/pride/archive/
● STRING: 提供蛋白質相互作用網絡和功能注釋的數據庫，幫助解釋蛋白質組學數據的生物學含義。網址：string-db.org/
● DAVID: 提供蛋白質功能注釋和富集分析工具，用于發現不同樣本中蛋白質功能的差異。網址：david.ncifcrf.gov/
