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引物合成

引物合成

  • 可監控每條引物的合成質量
  • 多重質量檢測手段
  • 全面保證發貨的質量

服務特色

金開瑞引物合成平臺引進世界上目前主流的合成儀制造商BLP公司生產的nm級別的Dr.oligo192高通量DNA合成儀,每天的通量可達2000條/臺。

服務介紹

引物合成是一種生物技術,用于合成DNA或RNA的短鏈分子,通常用于PCR(聚合酶鏈反應)和其他分子生物學實驗中。引物是一段短鏈分子,通常包含20-30個堿基,能夠與特定的DNA或RNA序列互補配對,從而引導聚合酶在該序列上擴增DNA。引物合成通常使用自動化合成方法,在化學合成儀上一步步添加堿基來構建所需的序列。引物合成技術的發展使得DNA和RNA序列的快速和準確合成成為可能,為生物技術和生物醫學研究提供了重要的支持。

常見問題

Q:測定了制品的OD值后發現OD260/OD280<1.8,制品質量 (純度) 合格嗎?

由于核酸在260 nm附近有強吸收,而蛋白質在280 nm附近有強吸收,從生物體內提取核酸時,常用OD260/OD280比值來評價核酸純度 (比值在1.8~2.0之間),這一判斷是基于序列中A、G、C、T所占比例大致相同時的結果。而合成的DNA/RNA則不同,序列很短 (通常在20~30個堿基之間),其中A、G、C、T各種堿基所占比例很不相同,由于各種堿基的摩爾消光系數不同,因此不同堿基構成的合成DNA/RNA制品的OD260/OD280比值也不同,例如當序列中C、T堿基的含量高時,該比值會大大低于1.8。此外,序列中堿基的排列順序也影響該比值。所以不能根據OD260/OD280比值來評價合成DNA/RNA制品的純度。

Q:使用3%的Agarose凝膠電泳合成Oligo DNA制品,發現有很多條泳帶,為什么?

Oligo DNA的電泳一定要使用變性PAGE電泳。Oligo DNA是單鏈DNA,容易形成復雜的立體結構,因此進行Agarose電泳時,容易出現多條泳帶 (更無法用Agarose電泳進行定量了)。

Q:進行PAGE電泳時,長度完全一樣的Oligo DNA為什么泳帶不在同一位置?

A、G、C、T的組份不同,電泳速度不同; DNA的立體結構不同,電泳速度不同。 這種情況在Oligo DNA越短時越容易發生,長鏈Oligo DNA之間差別越小。

Q:一般的合成Oligo DNA的5' 和3' 末端有磷酸基團嗎?

沒有,5' 和3' 末端均為-OH基。如需要加磷酸基團,訂貨時請特別注明,此時需收取磷酸化 (PO4修飾) 的費用。

Q:能否根據電泳帶的亮度對合成的DNA/RNA制品進行定量?

不能。 因為EtBr是通過嵌入到核酸的雙螺旋間而使其著色的。合成的DNA/RNA分子為單鏈,只有通過自身回折形成局部發夾環結構或鏈間形成部分雙螺旋結構,才能被EtBr染色。由于不同制品的序列不同,形成雙螺旋的能力不同,因此染色能力不盡相同,也就不能根據EtBr染色帶的亮度來對合成的DNA/RNA進行定量。

Q:引物片段退火后不能連接到載體上是什么原因?

連接反應的引物如果沒有5’磷酸基團,連接效率相對較低,但不是完全不能成功。 如果磷酸化的產物還不能連接載體上,需要檢查載體的酶切效果以及核對引物的設計方案,如果都沒有問題就要考慮改善引物退火的條件以及連接反應體系。

Q:貴公司可合成多長的DNA,多長的RNA?

合成DNA的長度為6~130個堿基;合成RNA的長度為8~35個堿基。當合成的DNA序列較長時,由于合成及純化方法的限制,很難保證制品中每個序列都正確無誤。此外需要說明的是:如果待合成序列比較特殊 (例如多個“G”連續出現等),合成收率相對較低,我們可能會根據具體情況加收費用;有時我們也可能無法合成訂購的序列,此時本公司保留不接受定單的權利。

Q:合成的DNA應如何保存?

干燥制品很穩定,-20℃下保存2年沒問題。 溶解后的DNA也請保存于-20℃,最好是分份保存,避免反復凍融。 溶液中的Oligo DNA在常溫下放置3~4天應該沒問題,但最好不要放置一個星期以上。其壽命與容器、溶劑的滅菌程度有關。

Q:已經溶解的引物,為什么原先使用正常,而過一段時間再使用就不好了?

如果您溶解引物的水PH過低或污染了菌或核酸酶,會使引物降解。使用時沒有充分解凍混合,液體不均勻也可能會造成引物加入量不準確。建議分裝引物,避免反復凍溶。建議使用10mM Tris pH7.5緩沖液溶解引物,因為有些蒸餾水的pH值比較低(pH4-5), 引物在這種條件下不穩定。還有一種可能性是引物沒有問題,而是PCR使用材料特別是模板的質量與先前使用的不完全一致。

Q:引物質量好壞的判斷標準是什么?

合成的引物和您的定單序列一致,而不是能否擴增出您所需要的產物。

Q:怎樣才能保證Oligo DNA的正確性?

合成Oligo DNA時,盡量選用高純度級制品。 避免使用過長的Oligo DNA,最好選用小于35 mer的合成DNA制品。 進行克隆實驗時,每次克隆都須進行測序驗證,以保證序列的正確性,然后再進行進一步實驗。進行蛋白表達實驗時,尤其需要注意。

Q:合成的DNA/RNA制品溶解后發現有少許沉淀,會影響實驗結果嗎?

所有的制品純化后都要進行脫鹽,脫鹽是使用C18柱進行的,偶而會有微量的樹脂溢出而進入制品。樹脂不影響任何反應結果,請稍許離心后取上清使用。

Q:平端的PCR產物難以克隆,為什么?

由于一般的PCR用引物的5′ 末端都沒有磷酸基團,因此,擴增后的PCR產物的5′ 末端也沒有磷酸基團。當克隆于去磷酸化的末端平滑載體時,無法克隆進去;而當克隆于非去磷酸化的末端平滑載體時,背景會極高。此時請對PCR產物的5′ 端進行磷酸 (PO4修飾) 化處理。

Q:合成的引物進行PCR反應時無目的帶,怎么辦?

PCR反應失敗的原因很多,可以從以下幾個方面考慮。 1. 引物和模板是否配對,同源性有多大? 2. 引物本身是否有立體結構,或者二條引物之間是否形成高次結構? 3. PCR反應用試劑是否能正常工作? 4. PCR儀是否工作正常? 5. PCR反應條件是否合適? 如果一切正常,還無法解決問題時,我們可以免費重新合成引物。如果重新合成的引物也無法解決問題時,請把引物和模板寄送給我們公司,我們可以幫助摸索PCR反應條件。

Q:PCR擴增不出是引物有問題嗎?

基本不是。當今發展出各色各樣的PCR擴增技術,各色各樣的高溫聚合酶,就是來解決PCR擴增中遇到的擴不出,擴增效率低的問題。如槽式PCR就是擴增那些拷貝數很低的基因片段。 有些重復片段的擴增, GC含量高的片段,非要采用特殊擴增手段才能擴增出了。 引物擴增不出,主要是下列兩種情況比較常見: RT-PCR。請注意,很多基因通過常規RT–PCR方法是很難不增出來的。 RT- PCR成功的關鍵在于RT的反應的RNA質量和目標基因在特定組織和細胞中含量。 從基因組中擴增。一般情況下,基因在基因組中都是單拷貝,基因組作為模板需要嚴格控制用量。基因組DNA過高,會影響反應體系中的Mg和pH。

Q:怎樣對合成DNA/RNA制品進行定量、如何測定并計算OD值?

由于核酸在260 nm附近有強吸收,因此常根據此性質,用紫外分光光度計測定核酸溶液在260 nm的吸光度值,據此對核酸進行定量,用OD值來表示。1 OD是指:置于光路長度為1 cm的比色皿中的DNA/RNA溶液,如果其在260 nm處的吸光度值為1,則稱1 ml該溶液中溶解的DNA/RNA的量為1 OD。1個OD值的合成DNA/RNA的質量約為33 μg。將DNA/RNA溶液進行適當稀釋,使吸光度測定值與樣品濃度的關系在直線范圍內,再根據原溶液的總體積與稀釋倍數計算該溶液的總OD值。 例如,一個200 μl的DNA/RNA溶液,如果對其進行6倍稀釋,測定值為1.0時,則該溶液的總OD值為:0.2 ml×6×1.0 OD/ml=1.2 OD 。

Q:貴公司可合成多長的DNA,多長的RNA?

合成DNA的長度為6~130個堿基;合成RNA的長度為8~35個堿基。當合成的DNA序列較長時,由于合成及純化方法的限制,很難保證制品中每個序列都正確無誤。此外需要說明的是:如果待合成序列比較特殊 (例如多個“G”連續出現等),合成收率相對較低,我們可能會根據具體情況加收費用;有時我們也可能無法合成訂購的序列,此時本公司保留不接受定單的權利。

Q:合成DNA的長度為6~130個堿基;合成RNA的長度為8~35個堿基。當合成的DNA序列較長時,由于合成及純化方法的限制,很難保證制品中每個序列都正確無誤。此外需要說明的是:如果待合成序列比較特殊 (例如多個“G”連續出現等),合成收率相對較低,我們可能會根據具體情況加收費用;有時我們也可能無法合成訂購的序列,此時本公司保留不接受定單的權利。

沒有,5' 和3' 末端均為-OH基。如需要加磷酸基團,訂貨時請特別注明,此時需收取磷酸化 (PO4修飾) 的費用。

Q:合成的DNA應如何保存?

干燥制品很穩定,-20℃下保存2年沒問題。 溶解后的DNA也請保存于-20℃,最好是分份保存,避免反復凍融。 溶液中的Oligo DNA在常溫下放置3~4天應該沒問題,但最好不要放置一個星期以上。其壽命與容器、溶劑的滅菌程度有關。

Q:合成的DNA應如何保存?

干燥制品很穩定,-20℃下保存2年沒問題。 溶解后的DNA也請保存于-20℃,最好是分份保存,避免反復凍融。 溶液中的Oligo DNA在常溫下放置3~4天應該沒問題,但最好不要放置一個星期以上。其壽命與容器、溶劑的滅菌程度有關。

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