iTRAQ/TMT定量蛋白組
- iTRAQ
- TMT
- 相對定量蛋白質(zhì)組
- 同位素標(biāo)記技術(shù)
服務(wù)特色
iTRAQ和TMT技術(shù)是定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究中的重要工具，能夠同時分析多個樣本的蛋白質(zhì)表達(dá)水平，從而幫助研究者發(fā)現(xiàn)差異蛋白和生物標(biāo)志物，深入了解細(xì)胞信號通路。
服務(wù)介紹
iTRAQ（isobaric tags for relative and absolute quantitation）技術(shù)是由AB SCIEX公司研發(fā)的一種體外同重同位素標(biāo)記的相對與絕對定量技術(shù)，利用多種同位素試劑標(biāo)記蛋白多肽N末端和賴氨酸側(cè)鏈基團(tuán)，經(jīng)高精度質(zhì)譜儀串聯(lián)分析，可同時比較多達(dá)8種樣品之間的蛋白表達(dá)量，是近年來定量蛋白質(zhì)組學(xué)中應(yīng)用廣泛的高通量篩選技術(shù)。
TMT（Tandem Mass Tags）也是一種同位素標(biāo)記技術(shù)，與iTRAQ類似，TMT標(biāo)簽的樣本在質(zhì)譜中產(chǎn)生相同質(zhì)量的離子片段，但由于不同標(biāo)簽的化學(xué)特性不同，它們在質(zhì)譜中產(chǎn)生不同的離子信號。通過測量離子片段的信號強(qiáng)度比例，可以實(shí)現(xiàn)多樣本蛋白質(zhì)的相對定量。
iTRAQ和TMT技術(shù)在定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究中被廣泛應(yīng)用，可以用于比較不同樣本之間的蛋白質(zhì)表達(dá)水平，尋找生物標(biāo)志物，研究細(xì)胞信號通路等，為生物學(xué)和醫(yī)學(xué)研究提供了強(qiáng)大的工具。
服務(wù)優(yōu)勢
- 自動化程度高：液質(zhì)連用，自動化操作，分析速度快，分離效果好；
- 靈敏度高：分級分離，降低樣品復(fù)雜度，檢測出較低豐度蛋白；
- 高通量：可同時對8個樣本（iTRAQ)或10樣本(TMT)進(jìn)行分析，特別適用于采用多種處理方式或來自多個處理時間的樣本的差異蛋白分析；
- 結(jié)果可靠準(zhǔn)確：定性與定量同步進(jìn)行，同時得出鑒定和定量結(jié)果，重復(fù)樣品間的蛋白表達(dá)量相關(guān)性高。
服務(wù)流程
客戶提供
需比較的樣品；
樣品信息單：需詳細(xì)填寫樣品來源、含量、狀態(tài)及其他基本信息
最終交付
- 實(shí)驗(yàn)報告一份，含具體實(shí)驗(yàn)流程及蛋白質(zhì)組鑒定及定量結(jié)果（生物信息學(xué)分析）。
- 生物信息學(xué)分析內(nèi)容包括：1. iTRAQ鑒定：包括鑒定結(jié)果統(tǒng)計、重復(fù)性分析、Unique肽段數(shù)分布、肽段長度分布、蛋白覆蓋度分布；2. iTRAQ定量：包括定量信息統(tǒng)計、蛋白質(zhì)豐度比（FC）分布、表達(dá)量層次聚類分析；3. 蛋白質(zhì)功能注釋：包括GO注釋、COG注釋和Pathway代謝通路注釋；4. 差異蛋白的富集分析：包括差異蛋白的GO富集分析、差異蛋白的Pathway富集分析。
服務(wù)說明
| 產(chǎn)品類型 | 項(xiàng)目周期 | 技術(shù)指標(biāo) | 樣本數(shù)量 |
| TMT定量蛋白質(zhì)組 | 30個自然日 | 10個餾分，每個餾分1.5h質(zhì)譜；或者1.5餾分，1h質(zhì)譜 | 不少于6個樣 |
案例展示
常見問題與解析 (Q&A)
多個（每組最多8個）來源不同的蛋白樣品經(jīng)過不同標(biāo)簽標(biāo)記后，可以合并后同時進(jìn)行質(zhì)譜分析。在每個肽段二級質(zhì)譜圖上，相應(yīng)每個樣品的報告離子強(qiáng)度用以表征該蛋白在不同樣品中相對含量的高低，而肽段碎片離子可用于蛋白的鑒定分析。是鑒定與定量同時進(jìn)行的一種定量技術(shù)。
相關(guān)資源
1、iTRAQ和TMT技術(shù)的數(shù)據(jù)分析主要涉及質(zhì)譜數(shù)據(jù)的解析、比較和定量，通常需要使用特定的蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析軟件或工具。
常見的數(shù)據(jù)分析軟件包括MaxQuant、Proteome Discoverer、Skyline，詳情如下表所述：
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軟件包名稱 |
簡介 |
主要功能 |
優(yōu)點(diǎn) |
網(wǎng)址 |
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MaxQuant |
MaxQuant是廣泛使用的蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析軟件，適用于iTRAQ和TMT技術(shù)的定量分析 |
鑒定蛋白質(zhì)和肽段，定量比較 |
高度自動化的數(shù)據(jù)處理流程 |
www.coxdocs.org/doku.php?id=maxquant:start |
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Proteome Discoverer |
Proteome Discoverer由Thermo Fisher Scientific開發(fā)，用于蛋白質(zhì)鑒定、差異分析、富集分析等 |
蛋白質(zhì)鑒定、差異分析、富集分析等 |
與Thermo Fisher質(zhì)譜儀器集成，功能全面 |
www.thermofisher.com/proteinediscoverer |
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Skyline |
Skyline是目標(biāo)蛋白質(zhì)定量的質(zhì)譜數(shù)據(jù)分析軟件，廣泛應(yīng)用于iTRAQ和TMT技術(shù)的定量實(shí)驗(yàn) |
目標(biāo)蛋白質(zhì)定量、MRM、數(shù)據(jù)依賴性采集等 |
精確目標(biāo)定量分析，靈活的數(shù)據(jù)處理工具 |
skyline.ms/ |
2、同位素標(biāo)記技術(shù)（如iTRAQ和TMT）在蛋白質(zhì)組學(xué)研究中有廣泛的應(yīng)用
● 多樣本定量比較：iTRAQ和TMT技術(shù)允許同時比較多個樣本中蛋白質(zhì)的表達(dá)水平，例如對不同生理狀態(tài)、疾病狀態(tài)、治療效果等進(jìn)行定量比較，從而識別差異表達(dá)的蛋白質(zhì)。
● 生物標(biāo)志物鑒定：這些技術(shù)可應(yīng)用于尋找與疾病發(fā)展相關(guān)的生物標(biāo)志物，幫助診斷和治療疾病。通過比較病態(tài)和正常組織中蛋白質(zhì)的表達(dá)差異，可以發(fā)現(xiàn)潛在的生物標(biāo)志物。
● 細(xì)胞信號通路研究：iTRAQ和TMT技術(shù)可以用于研究蛋白質(zhì)相互作用和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，從而深入了解細(xì)胞信號通路的調(diào)控機(jī)制。
● 藥物研發(fā)：這些技術(shù)在藥物研發(fā)中發(fā)揮重要作用，可以評估藥物對蛋白質(zhì)表達(dá)的影響，了解藥物的作用機(jī)制和潛在副作用。
● 個性化醫(yī)學(xué)研究：iTRAQ和TMT技術(shù)可用于個性化醫(yī)學(xué)研究，幫助識別與個體病理狀態(tài)相關(guān)的蛋白質(zhì)標(biāo)志物，為精準(zhǔn)醫(yī)療提供支持。
● 蛋白質(zhì)修飾研究：這些技術(shù)可以用于研究蛋白質(zhì)的翻譯后修飾，如磷酸化、甲基化、泛素化等，揭示蛋白質(zhì)功能和調(diào)控的復(fù)雜性。
● 蛋白質(zhì)亞定位研究：利用iTRAQ和TMT技術(shù)，可以研究細(xì)胞亞結(jié)構(gòu)中蛋白質(zhì)的表達(dá)差異，進(jìn)一步了解蛋白質(zhì)在細(xì)胞內(nèi)的定位和功能。
3、iTRAQ/TMT定量蛋白組實(shí)驗(yàn)流程
● 樣品制備：收集不同樣本的細(xì)胞或組織，進(jìn)行蛋白質(zhì)提取，并根據(jù)實(shí)驗(yàn)設(shè)計進(jìn)行處理和標(biāo)記。iTRAQ和TMT標(biāo)記劑通常通過對蛋白質(zhì)樣品中的氨基基團(tuán)進(jìn)行化學(xué)修飾來引入同位素標(biāo)記。
● 蛋白質(zhì)消化：將標(biāo)記后的蛋白質(zhì)樣品進(jìn)行消化，通常使用胰蛋白酶等蛋白酶對蛋白質(zhì)進(jìn)行降解，生成肽段。
● 分離肽段：將消化后的肽段通過高性能液相色譜（HPLC）或其他分離技術(shù)進(jìn)行分離，以提高鑒定和定量的準(zhǔn)確性。
● 質(zhì)譜分析：使用質(zhì)譜儀對分離后的肽段進(jìn)行鑒定和定量。iTRAQ和TMT標(biāo)記會在質(zhì)譜中產(chǎn)生特定的離子信號，根據(jù)這些信號可以確定肽段的序列和相對豐度。
● 數(shù)據(jù)分析：使用專門的蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析軟件（如MaxQuant、Proteome Discoverer、Skyline等）對質(zhì)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行解析、比較和定量。這些軟件可以幫助鑒定蛋白質(zhì)、計算相對豐度，并進(jìn)行統(tǒng)計學(xué)分析。
● 生物學(xué)解釋：對數(shù)據(jù)進(jìn)行生物學(xué)解釋，通過差異分析和富集分析等方法，找出在不同樣本中表達(dá)差異顯著的蛋白質(zhì)，尋找生物標(biāo)志物，研究細(xì)胞信號通路等。
