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由于核酸在260 nm附近有強吸收，而蛋白質在280 nm附近有強吸收，從生物體內提取核酸時，常用OD260/OD280比值來評價核酸純度 (比值在1.8～2.0之間)，這一判斷是基于序列中A、G、C、T所占比例大致相同時的結果。而合成的DNA/RNA則不同，序列很短 (通常在20～30個堿基之間)，其中A、G、C、T各種堿基所占比例很不相同，由于各種堿基的摩爾消光系數不同，因此不同堿基構成的合成DNA/RNA制品的OD260/OD280比值也不同，例如當序列中C、T堿基的含量高時，該比值會大大低于1.8。此外，序列中堿基的排列順序也影響該比值。所以不能根據OD260/OD280比值來評價合成DNA/RNA制品的純度。
Oligo DNA的電泳一定要使用變性PAGE電泳。Oligo DNA是單鏈DNA，容易形成復雜的立體結構，因此進行Agarose電泳時，容易出現多條泳帶 (更無法用Agarose電泳進行定量了)。
A、G、C、T的組份不同，電泳速度不同； DNA的立體結構不同，電泳速度不同。 這種情況在Oligo DNA越短時越容易發生，長鏈Oligo DNA之間差別越小。
沒有，5' 和3' 末端均為-OH基。如需要加磷酸基團，訂貨時請特別注明，此時需收取磷酸化 (PO4修飾) 的費用。
不能。 因為EtBr是通過嵌入到核酸的雙螺旋間而使其著色的。合成的DNA/RNA分子為單鏈，只有通過自身回折形成局部發夾環結構或鏈間形成部分雙螺旋結構，才能被EtBr染色。由于不同制品的序列不同，形成雙螺旋的能力不同，因此染色能力不盡相同，也就不能根據EtBr染色帶的亮度來對合成的DNA/RNA進行定量。
連接反應的引物如果沒有5’磷酸基團，連接效率相對較低，但不是完全不能成功。 如果磷酸化的產物還不能連接載體上，需要檢查載體的酶切效果以及核對引物的設計方案，如果都沒有問題就要考慮改善引物退火的條件以及連接反應體系。
合成DNA的長度為6～130個堿基；合成RNA的長度為8～35個堿基。當合成的DNA序列較長時，由于合成及純化方法的限制,很難保證制品中每個序列都正確無誤。此外需要說明的是：如果待合成序列比較特殊 (例如多個“G”連續出現等)，合成收率相對較低，我們可能會根據具體情況加收費用；有時我們也可能無法合成訂購的序列，此時本公司保留不接受定單的權利。
干燥制品很穩定，-20℃下保存2年沒問題。 溶解后的DNA也請保存于-20℃，最好是分份保存，避免反復凍融。 溶液中的Oligo DNA在常溫下放置3～4天應該沒問題，但最好不要放置一個星期以上。其壽命與容器、溶劑的滅菌程度有關。
如果您溶解引物的水PH過低或污染了菌或核酸酶，會使引物降解。使用時沒有充分解凍混合，液體不均勻也可能會造成引物加入量不準確。建議分裝引物，避免反復凍溶。建議使用10mM Tris pH7.5緩沖液溶解引物，因為有些蒸餾水的pH值比較低（pH4-5）, 引物在這種條件下不穩定。還有一種可能性是引物沒有問題，而是PCR使用材料特別是模板的質量與先前使用的不完全一致。
合成的引物和您的定單序列一致，而不是能否擴增出您所需要的產物。
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