ChIP-qPCR
- 轉錄因子結合位點鑒定
- 基因調控機制研究
- 疾病相關研究
- DNA與蛋白互作
服務特色
通過ChIP-qPCR技術，可以探索轉錄因子與基因調控元件的相互作用、研究染色質的結構和功能，以及了解基因表達的調控機制。
服務介紹
染色體免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是用來研究蛋白質與DNA是否在體內存在相互作用，這項技術幫助研究者判斷在細胞核中基因組的某一特定位置會出現何種組蛋白修飾。利用抗體抗原特異性結合，將與目的蛋白相結合的DNA片段沉淀下來，能夠真實地反映結合在DNA序列上的調控蛋白。
服務優勢
- 高靈敏度和特異性：能夠準確測量特定基因或區域的結合情況，具有較高的靈敏度和特異性。
- 適用于小樣本量：可以在少量樣本的情況下進行分析，適用于資源有限或樣本稀缺的研究。
- 直接定量分析結合位點的豐度：可以直接測量結合位點的豐度，提供定量分析的能力，可用于比較不同樣本之間的差異。
- 特定基因或區域的分析：可以針對特定基因或區域進行分析，有助于深入研究感興趣的結合事件。
- 可與其他實驗技術結合使用：如免疫共沉淀、Western blot等，以獲得更全面的信息和驗證結果。
服務流程
客戶提供
ChIP檢測專用抗體。
送樣要求：
離體后迅速超低溫處理并-80℃凍存的組織樣品，干冰運輸。
細胞：盡量提供細胞由我方培養，冰凍＞2x10^7個細胞；
組織：動物不少于1g，植物不少于4g。
最終交付
- 完整的實驗報告、有代表性的圖片、測序結果等原始數據。
服務說明
| 服務名稱 | 服務內容 | 交付內容及標準 | 服務周期(工作日) |
| ChIP-qPCR | ChIP前蛋白提取+WB | 1個泳道 | 20 |
| ChIP富集 | 富集2次：IgG、IP各1次 | ||
| qPCR實驗 | IgG，IP，input各1次 |
案例展示
常見問題與解析 (Q&A)
染色質免疫共沉淀（ChIP）所獲得的DNA產物，在ChIP-Seq中通過高通量測序的方法，在全基因組范圍內尋找目的蛋白（轉錄因子、修飾組蛋白）的DNA結合位點片段信息；ChIP-qPCR需要預設待測的目的序列，針對目的序列設計引物，以驗證該序列是否同實驗蛋白結合互作。
相關資源
1、ChIP技術的實驗步驟
● 交聯：將細胞或組織交聯，以固定蛋白質與DNA的相互作用。通常使用甲醛進行細胞或組織的交聯。
● 細胞核提取：將交聯后的細胞或組織進行細胞核提取，以獲得染色質蛋白質復合物。
● DNA剪切：使用限制性酶、酶切酶或超聲波等方法將染色質剪切成適當的片段。這樣可以將特定蛋白質結合的DNA片段保留下來。
● 免疫沉淀：將剪切后的染色質蛋白質復合物與特定抗體進行免疫反應，使蛋白質與抗體結合。這樣可以選擇性地富集與特定蛋白質結合的DNA片段。
● 洗滌：將免疫沉淀復合物進行多次洗滌，以去除非特異性結合的DNA和其他雜質。
● 解交聯：去除細胞或組織中的交聯，使DNA片段恢復到原始的非交聯狀態。
● DNA純化：從免疫沉淀復合物中純化富集的DNA片段。這可以通過酚/氯仿提取、柱層析或商業DNA純化試劑盒等方法完成。
● DNA分析：對純化的DNA片段進行進一步的分析，如定量PCR、實時熒光PCR、測序或芯片芯片分析等。
2、ChIP-qPCR技術的應用
● 確定特定轉錄因子與基因啟動子的結合：ChIP-qPCR可以用于驗證特定轉錄因子與目標基因啟動子的結合，從而確定轉錄因子對該基因的調控作用。
● 研究表觀遺傳修飾和染色質狀態：ChIP-qPCR可以用于分析特定表觀遺傳修飾標記（如組蛋白修飾）與染色質區域的結合情況，揭示染色質狀態和基因表達調控之間的關系。
● 驗證轉錄因子結合位點的功能：通過ChIP-qPCR分析不同轉錄因子結合位點的富集程度，可以確定這些結合位點在基因調控中的功能重要性。
● 研究疾病相關基因的調控：ChIP-qPCR可以用于研究疾病相關基因的調控機制，例如確定轉錄因子與致病突變基因的結合情況，了解其對基因表達的影響。
3、ChIP-qPCR技術、ChIP-seq和ChIP-chip技術的對比區別
|
技術 |
ChIP-seq |
ChIP-chip |
ChIP-qPCR |
| 概念 |
通過測序分析確定蛋白質與染色質上特定 DNA序列的結合情況。 |
利用芯片技術檢測蛋白質與染色質上特定 DNA序列的結合情況。 |
利用定量PCR分析蛋白質與染色質上特定 DNA序列的結合情況。 |
| 優勢 | - 高通量分析 |
- 適用于小樣本量 |
- 高靈敏度和特異性 |
| - 可全基因組范圍的研究 |
- 成本相對較低 |
- 適用于小樣本量 | |
| - 高靈敏度和特異性 |
- 結合位點鑒定和分析 |
- 特定基因或區域的分析 | |
|
- 不依賴先驗知識 |
|||
|
- 結合位點鑒定和分析 |
|||
| 劣勢 |
- 數據分析復雜 |
- 有限的基因覆蓋范圍 | - 無法進行全基因組范圍的研究 |
|
- 需要大量測序深度 |
- 需要先知道結合位點的區域 | - 僅限于已知的目標基因或區域分析 | |
|
- 依賴參考基因組的質量 |
|||
| 應用領域 |
- 轉錄因子結合位點鑒定 |
- 轉錄因子結合位點鑒定 | - 轉錄因子結合位點鑒定 |
|
- 基因調控機制研究 |
- 表觀遺傳學研究 | - 基因調控機制研究 | |
|
- 表觀遺傳學研究 |
- 疾病相關研究 | - 疾病相關研究 | |
| 舉例 |
- 確定轉錄因子X結合位點在腫瘤細胞中的分布情況 |
- 分析組蛋白修飾酶在不同發育階段的結合位點 | - 研究轉錄因子Y在疾病模型中的結合位點變化 |
