金日晚報一周匯總【2020.8.31-2020.9.4】
信息來源：金開瑞 作者：genecreate 發布時間：2020-09-10 15:19:25
2020年8月31日
1、JCB：這種lncRNA促進了肺癌細胞的免疫逃逸
癌癥的特征是基因組不穩定性，許多突變在癌細胞中積累。以往，研究人員總是關注蛋白編碼基因中的突變。然而，許多突變會影響基因組的非編碼區（過去被稱為垃圾DNA），而這些非編碼RNA在癌癥中的作用還不是太清楚。
西班牙納瓦拉大學的Maite Huarte及其同事分析了覆蓋25種癌癥類型的7,000多個腫瘤，發現許多肺癌細胞都含有某個基因的額外拷貝。這個基因編碼了一種長鏈非編碼RNA，故研究人員將其命名為與肺癌相關的擴增lncRNA（ALAL-1）。
這項成果于8月27日發表在《Journal of Cell Biology》雜志上。它表明，靶向這種lncRNA分子有望提高免疫療法的有效性，而目前免疫療法僅僅在約20%的肺癌患者中取得成功。
2、中外合作Nature發文報道世界上首次實現跨膜孔蛋白的精確從頭設計
北京時間8月26日23時，Nature雜志在線發表西湖大學生命科學學院盧培龍研究員課題組與華盛頓大學David Baker等課題組合作的人工設計跨膜蛋白質的最新研究：《跨膜孔蛋白的計算機輔助設計》（ Computational Design of Transmembrane Pores） 。該研究在世界上首次實現了跨膜孔蛋白的精確從頭設計。
華盛頓大學徐純福博士和西湖大學生命科學學院盧培龍研究員為該文的共同第一作者， 盧培龍研究員、華盛頓大學William A. Catterall教授和David Baker教授為該文的共同通訊作者。此外，大阪大學、劍橋大學的多位研究人員也在該項研究中作出重要貢獻。
2020年9月1日
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2020年9月2日
1、Proc. Natl. Acad. Sci. | 通過MS2或Cas13靶向APEX鑒定RNA-蛋白互作
今天推薦發表在PNAS上的文章，通訊作者是斯坦福大學的Alice Y. Ting教授，她主要研究活細胞中的蛋白質組鑒定、功能回路和線粒體生物學等。鑒定活細胞中的RNA-蛋白質相互作用對于了解RNA的加工、運輸、折疊、功能和降解都十分重要，以蛋白為中心，交聯免疫沉淀測序、RNA免疫沉淀測序等方法都可用于鑒定RNA，而目前以RNA為中心鑒定其相互作用蛋白的方法尚在持續發展中，之前用過的適配體或反義探針親和標記方法可能會結合上變性的RNA、或者丟失微弱的瞬時的相互作用，因此發展出有的鄰近標記技術可以靶向生物素連接酶BioID到一些RNA上，但是該酶標記時間過長不適合動態研究，因此在“RNA–protein interaction mapping via MS2- or Cas13-based APEX targeting”一文中，斯坦福大學的Alice Y. Ting教授利用MS2或者CRISPR-Cas13靶向鄰近生物素化標記酶APEX2到特異性的RNA上，時間分辨率更高，并用于發現人類端粒酶RNA（hTR，作為端粒反轉錄的模板，調控細胞衰老和腫瘤發生）另外的相互作用蛋白和相關功能。
2、山東大學Cell Rep發表病原菌在植物根部入侵的新進展
近日，山東大學生命科學學院、植物發育與環境適應生物學教育部重點實驗室丁兆軍教授團隊在Cell子刊Cell Reports雜志在線發表了題為“Antagonistic Interaction between Auxin and SA Signaling Pathways Regulates Bacterial Infection through Lateral Root in Arabidopsis”的研究論文。山東大學生命科學學院為該論文的第一完成單位，孔祥培助理研究員和博士后張春雷是本論文的共同第一作者，丁兆軍教授和孔祥培助理研究員為本論文的共同通訊作者。
該研究闡明了生長素信號和SA信號在側根發生過程中的拮抗作用以及它們參與調控病原菌通過側根入侵的分子機制。該研究結果為深入理解植物根系與根際微生物互作提供重要的參考價值。
2020年9月3日
1、Autophagy | 華中農大揭示植物調控細胞自噬和抗病途徑新的分子機制
8月28日，Autophagy雜志在線發表了華中農業大學作物遺傳改良國家重點實驗室賴志兵課題組最新研究成果，研究揭示了BAK1通過磷酸化植物細胞自噬小體形成的關鍵蛋白ATG18a，抑制細胞自噬途徑，從而削弱植物對灰葡萄孢菌的抗病性。研究成果以“Phosphorylation of ATG18a by BAK1 Suppresses Autophagy and Attenuates Plant Resistance against Necrotrophic Pathogens”為題發表。
在該研究中，作者首先發現ATG18a蛋白受磷酸化修飾；通過質譜分析，確定了ATG18a五個被磷酸化的位點（Thr241, Ser328, Ser344, Ser361 和Thr387），通過遺傳學和分子生物學實驗，確定了ATG18a蛋白的這五個位點的磷酸化反向調控植物自噬途徑和對灰葡萄孢菌的抗病性。研究還發現，在病原菌入侵過程中，ATG18a蛋白的磷酸化水平呈現前期增強后期明顯下降的趨勢。
2、武漢大學揭示LINC00301在非小細胞肺癌進展和腫瘤免疫中的重要作用
2020年9月2日，武漢大學健康學院孫承操、李得加和何啟強教授團隊在 Genome Medicine雜志上發表了題為：FOXC1-mediated LINC00301 facilitates tumor progression and triggers an immune-suppressing microenvironment in non-small cell lung cancer by regulating the HIF1α pathway 的研究論文。
這項研究揭示了LINC00301在NSCLC臨床標本、細胞和動物水平中的致癌作用，詳細闡述了LINC00301在NSCLC腫瘤發生、發展、轉移和免疫抑制微環境形成中的具體作用和分子調控機制，為NSCLC的腫瘤發生和免疫治療提供了新的認識。結合LNA技術， LINC00301具備作為NSCLC診斷治療靶點的潛能。
2020年9月4日
1、Nat. Commun. | 基于機器學習的化學蛋白質組學方法鑒定藥物靶標和結合位點
Nature communications上的一篇關于藥物靶點和結合位點鑒定的文章“A machine learning-based chemoproteomic approach to identify drug targets and binding sites in complex proteomes”，通訊作者是蘇黎世聯邦理工學院的Paola Picotti教授和Biognosys AG的Lukas Reiter博士。Picotti教授的課題組致力于開發基于質譜的結構和化學蛋白質組學方法，旨在監測復雜細胞環境中的蛋白質構象變化。Reiter博士深諳計算蛋白質組學，并且是SWATH技術的共同發明者。
本文采用的基于LiP的方法可以對復雜的真核蛋白質組（例如人）中的蛋白質-小分子相互作用進行系統的研究。作者采用了基于機器學習的框架（LiP-Quant），利用藥物劑量滴定，可鑒別小分子化合物的靶標并可以提供其他信息，包括結合位點預測和靶標親和力。作者通過研究化合物與已知人類蛋白質靶標的結合來對LiP-Quant進行基準測試，探討了檢測激酶或磷酸酶抑制劑和膜蛋白藥物的可能性，還確定了一個目前正在研究的殺菌劑的未知靶標。
2、川大華西醫院Nature雜志發表重組蛋白新冠疫苗研究論文
7月29日，四川大學華西醫院生物治療國家重點實驗室作為第一作者單位和通訊作者單位，在Nature 在線發表題為“A vaccine targeting the RBD of the S protein of SARS-CoV-2 induces protective immunity”的研究論文，該論文的通訊作者是魏霞蔚研究員、逯光文教授與張康教授，第一作者是楊靜云博士、王瑋教授以及楊自敏博士等，這也是Nature雜志發表的第一篇新冠疫苗研究論文。
該研究發現包含S-RBD殘基319-545的重組疫苗可在單劑后7或14天之初在免疫的小鼠，兔和非人靈長類動物（獼猴）中誘導有效的功能抗體應答。免疫動物的血清在體外阻斷了RBD與細胞表面表達的ACE2的結合，并中和了SARS-CoV-2假病毒和SARS-CoV-2活病毒的感染。
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