金日晚報一周匯總【2020.9.27-2020.9.30】
信息來源：金開瑞 作者：genecreate 發布時間：2020-10-19 09:29:49
01--2020.9.27
1、Plant Physiology | 西北農林科技大學單衛星課題組揭示植物免疫調控新機制！
Plant Physiology在線發表了西北農林科技大學農學院單衛星課題組題為 “Cytidine-to-Uridine RNA editing factor NbMORF8 negatively regulates plant immunity to Phytophthora pathogens” 的研究論文。論文發現線粒體和葉綠體C到U的RNA編輯因子MORF (Multiple organellar RNAediting factor)家族的多個成員參與調控植物對疫霉菌的免疫反應，并進一步解析了其中一個線粒體和葉綠體雙重定位的MORF成員NbMORF8參與調控植物免疫的分子機制。
本文發現參與植物RNA編輯的本氏煙NbMORF家族具有調控植物免疫的功能，探索了RNA編輯現象在植物免疫功能方面發揮的作用，并進一步解析了NbMORF8免疫負調控因子的作用機制。探索新的參與調控植物免疫的基因，對作物抗病育種具有著重要的意義。
資訊原文鏈接：https://sci-hub.se/10.1104/pp.20.00458
2、首次通過Meta分析闡述血液中細胞特異性的DNA甲基化改變
國際期刊Nature Communications在線發表了中國科學院上海營養與健康研究所（中國科學院-馬普學會計算生物學伙伴研究所）Andrew Teschendorff課題組與汪思佳課題組合作的題為“A cell-type deconvolution meta-analysis of whole blood EWAS reveals lineage-specific smoking-associated DNA methylation changes”的研究成果。
研究團隊首次通過細胞特異性的方式對血液EWAS進行Meta分析來解決這個問題。該團隊收集并分析了來自7個獨立EWAS隊列的DNA甲基化數據，其中包括首個對吸煙相關DNAm變化進行全面分析的中國隊列。分析發現與吸煙有關的DNAm變化在很大程度上與種族無關，佐證了將多種族隊列合并進行Meta分析的合理性。Meta分析進一步揭示了血液中大多數吸煙相關的DNAm變化是如何在骨髓細胞系內發生的，并主要出現在炎性單核細胞和巨噬細胞的DNase超敏位點。其中一個新發現的與吸煙相關的髓樣特異性DNAm信號也與急性髓系白血病相關，而吸煙也正是急性髓細胞白血病的中度危險因素。與此同時，在淋巴細胞系內則并未發現多少與吸煙相關的DNAm改變。
資訊原文鏈接：https://www.nature.com/articles/s41467-020-18618-y
02--2020.9.28
1、戰勝超級細菌的關鍵基因線索——質粒測序
來自威爾康桑格研究所和牛津大學大數據研究所的基因組病原體監測中心的研究人員，一起使用基因組測序技術分析質粒和從歐洲醫院病人身上采集的肺炎克雷伯菌樣本中的細菌染色體。
9月24日發表在《PNAS》上“Integrated chromosomal and plasmid sequence analyses reveal diverse modes of carbapenemase gene spread among Klebsiella pneumoniae”這項發現揭示了抗生素耐藥基因通過質粒在細菌群體中傳播的三種不同途徑。研究人員說，在追蹤抗生素耐藥性時，將質粒包括在內是至關重要的，這樣才能最大限度地阻止超級細菌。
資訊原文鏈接：https://sci-hub.se/10.1073/pnas.2003407117
2、上海交大最新論文發表新冠肺炎最新研究成果
自2020年2月底，上海交通大學電院李金金團隊開始針對新型冠狀病毒抑制劑進行深入的理論研究，近日最新研究成果（Potential Inhibitors for the Novel Coronavirus (SARS-CoV-2)）于2020年9月18日發表在計算機與生物信息學交叉領域權威期刊《Briefings in Bioinformatics》（IF=8.99, JCR 1區top期刊）上。
該文章還詳細研究了藥物分子和新型冠狀病毒蛋白的結合作用機制，通過分子對接手段確定了不同藥物分子與病毒蛋白結合的位點信息，以及蛋白質殘基對結合能力的貢獻程度。研究的8種抑制劑分子都會傾向于與病毒蛋白結合在相近的位點。對于結合能力最強的13b分子，病毒蛋白殘基MET165和HIE163對于藥物與病毒結合的貢獻最大，其中殘基MET165貢獻主要是范德華相互作用，HIE163主要貢獻是靜電能。
文章所研究的藥物分子和3CL水解酶的結合機制以及殘基對結合能的貢獻分析可以為后續藥物研究提供理論基礎，并指導新冠病毒抑制劑的設計，研制出針對新冠肺炎治療效果更好的藥物。
資訊原文鏈接：https://sci-hub.se/10.1093/bib/bbaa209
03--2020.9.29
1、Nature | 光驅動的蛋白側鏈引入反應
分享一篇在Nature上的文章“Light-driven post-translational installation of reactive protein side chains”，文章的通訊作者是來自牛津大學化學系的Gouverneur教授和Davis教授。Gouverneur教授課題組的研究方向為用氟化物合成天然產物類似物和化學探針，Davis教授課題組致力于合成生物學和化學生物學方面的研究。
作者開發了一種利用自由基反應將指定側鏈引入蛋白的方法，該方法在可見光照射下、在水中即可發生，并且經實驗證明對于多種側鏈都有較好的反應性和位點選擇性，該方法可能有助于揭示翻譯后修飾酶的功能或者創造有其他功能的蛋白質。
資訊原文鏈接：https://www.nature.com/articles/s41586-020-2733-7
2、諾獎得主手中的那株青霉菌被首次測序
1928年，亞歷山大•弗萊明（Alexander Fleming）在倫敦圣瑪麗醫院的醫學院工作時發現了第一種抗生素——青霉素（penicillin）。這種抗生素是由青霉屬中的霉菌產生的，能夠抑制葡萄球菌的生長。憑借此項發現，弗萊明在1945年被授予諾貝爾生理學或醫學獎。
之后，弗萊明所發現的青霉菌菌種被交給牛津大學的研究小組保存。如今，來自倫敦帝國理工學院、牛津大學和國際應用生物科學中心（CABI）的研究人員利用五十多年前冷凍保存的樣本，對這個原始青霉菌菌株開展了基因組測序。這項成果于9月24日發表在《Scientific Reports》雜志上。
研究小組還將弗萊明的青霉菌菌株和美國現在大規模生產抗生素所用的菌株進行比較。他們發現，英國菌株和美國菌株生產青霉素的方式略有不同，這可能對抗生素的工業生產有意義。
資訊原文鏈接：https://doi.org/10.1038/s41598-020-72584-5
04--2020.9.30
1、J. Am. Chem. Soc. | 雙功能CAR-T 細胞助力固態瘤的治療
推薦一篇來自JACS的文章“Enhanced safety and anti-tumor efficacy of switchable dual chimeric antigen receptor-engineered T cell against solid tumor through a synthetic bifunctional PD-L1-blocking peptide”，文章的通訊作者是來自中國藥科大學的薛建鵬老師和徐寒梅老師，兩者主要研究的方向都是多肽藥物和腫瘤治療。
本文將PD-1/PD-L1的抑制療法和CAR-T細胞免疫療法相互結合，構建了雙嵌合體受體的sdCAR-T細胞與FRBM組合的體系。這一雙重的體系可以很好的在抑制PD-L1活性的同時啟動靶向癌癥細胞的T細胞免疫，實現特異性高，清除力強的癌細胞清除，是一種非常有前景的治療方式。
原文連接：https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jacs.0c08538
2、JEB | 浙江大學殷學仁教授課題組取得柿基因組及柿果實脫澀保脆研究新進展
近年來，殷學仁教授團隊在柿果實脫澀保脆機制方面開展了持續研究工作，陸續明確了乙烯響應因子是影響脫澀的主要調控因子，并解析了其調控網絡。近期，JOURNAL OF EXPERIMENTAL BOTANY發表了題為 “High CO2/hypoxia-induced softening of persimmon fruit is modulated by DkERF8/16 and DkNAC9 complexes ”的研究論文，該研究進一步解析了ERF-NAC轉錄因子復合體對柿果實采后脫澀軟化的調控作用。本研究中，課題組通過多處理間的轉錄組比較分析，獲得了227個可能參與柿果實采后軟化的差異表達基因，其中包括17個轉錄因子。通過煙草雙熒光素酶、EMSA等，發現DkNAC9能夠轉錄激活DkEGase1啟動子活性。進一步分析表明，DkNAC9和前面報道過的DkERF8/16對DkEGase1啟動子存在一個協同增效現象，且DkNAC9與DkERF8/16之間存在蛋白互作。結合前期研究（Wang等，2017，PBJ），認為ERF和NAC轉錄因子協同參與了柿果實脫澀后軟化過程的纖維素和半纖維素降解，后期有望通過這些關鍵基因實現對柿果實脫澀保脆性狀的控制。
原文鏈接：https://doi.org/10.1038/s41438-019-0227-2
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