【支招】膜體系酵母雙雜載體怎么選?
書接上文,上回我們聊到了酵母雜交自激活現象的產生原因及其應對策略,這期我們來嘮一嘮膜體系酵母雙雜載體怎么選擇。
DUAL membrane 系統(DUAL membrane system)首先由瑞士的Dualsystems Biotech AG 公司開發出來,是基于分離的泛素(split-ubiquitin)介導的膜蛋白酵母雙雜交系統。可介導蛋白降解的泛素(ubiquitin)被分為:
①Cub(C端結構域)
②Nub(N端結構域):第三位的I被突變為G得到NubG,NubG在bait和prey互作下結構重構,與Cub發生互作
膜蛋白酵母雙雜交-Dualsystems split ubiquitin原理是:
Cub與LexA-VP16轉錄激活因子連接成Cub-LexA-VP16,當bait-Cub-LexA-VP16與prey-NubG可互作時,Cub與NubG在空間上接近發生重構,被泛素特異性蛋白酶UBPs識別,LexA-VP16被解離進入核內,使啟動子下游基因(抗性篩選、藍白斑篩選、營養缺陷型篩選等)得到轉錄。
膜體系酵母雙雜選擇載體是根據誘餌蛋白質定位的不同來選擇,有利于互作蛋白相連的泛素NubG和Cub-LexA-VP16相互作用,被UBPs識別,從而啟動下游報告基因表達。主要分為以下幾種情況:
1. 若誘餌蛋白的N端在胞質,C端在細胞器腔內(或者胞外),建議用pBT3-N載體構建誘餌。
2. 若誘餌蛋白是C端位于胞質,N端位于細胞器腔內(或者胞外),且N端含有信號肽,選擇載體pBT3-SUC構建誘餌重組質粒,這是因為某些哺乳動物細胞的信號肽在酵母中無法識別,而pBT3-SUC中含有一段酵素轉化酶(SUC2)基因序列,當其定位在誘餌蛋白N端,能夠確保誘餌蛋白正確定位到酵母細胞膜上。
圖片來源于DUAL membrane pairwise interaction kit user manual
從載體的圖譜上中可以看出,cDNA插入位點(sifI位點)的上游是SUC2,下游是Cub-LexA-VP16。這樣表達后誘餌蛋白N端就含有SUC, C端含有Cub-LexA-VP16,誘餌蛋白就能夠定位在膜上,并且和互作蛋白的NubG相互作用。
3. 若誘餌蛋白是C端在胞質,N端在細胞器腔內(或者胞外),且N端不含信號肽,推薦使用pBT3-STE。
4. 如果你的誘餌蛋白N端C端均位于胞質,則pBT3-N和pBT3-STE都可以選擇。
5. 膜體系的獵物(Prey)載體分別為pPR3-N和pPR3-C。NubG在獵物蛋白N端時建議用pPR3-N。NubG在獵物蛋白C端時采用建議用pPR3-C。
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