靶向蛋白質(zhì)組MRM-HR /PRM——U盤里的數(shù)字化抗體

信息來(lái)源：金開(kāi)瑞作者：genecreate 發(fā)布時(shí)間：2017-07-12 10:51:58

基因的產(chǎn)物——蛋白質(zhì)，反應(yīng)了生命活動(dòng)正在發(fā)生的事情。蛋白質(zhì)組成及含量變化的研究愈演愈烈。在蛋白質(zhì)組學(xué)研究中，一方面，WB、ELISA這些依賴于抗體的檢測(cè)方法，對(duì)抗體質(zhì)量要求極高。另一方面，基因水平的表達(dá)與蛋白含量的變化相關(guān)性較差。這些傳統(tǒng)的方法都給蛋白含量的分析帶來(lái)了困難。在這個(gè)大時(shí)代背景之下，MRM^HR /PRM堪稱“質(zhì)譜界的WB、定量金標(biāo)準(zhǔn) 、U盤中的‘數(shù)字化抗體’”便應(yīng)運(yùn)而生。
MRM^HR/PRM簡(jiǎn)介
PRM（平行反應(yīng)監(jiān)測(cè), Parallel Reaction Monitoring），靶向蛋白質(zhì)組，是一種基于高分辨、高精度質(zhì)譜的靶向定量技術(shù)，能夠?qū)δ繕?biāo)蛋白質(zhì)/肽段（以及含有修飾的肽段）進(jìn)行選擇性檢測(cè)，從而實(shí)現(xiàn)對(duì)目標(biāo)蛋白質(zhì)/肽段的精準(zhǔn)定量。借用聽(tīng)來(lái)的一個(gè)比喻來(lái)說(shuō)，靶向蛋白質(zhì)組掃描就像精準(zhǔn)狙擊，排除干擾，目標(biāo)明確，每一槍直指目標(biāo)。
其基本原理是：四級(jí)桿（Q）首先選出的目標(biāo)肽段離子，進(jìn)入碰撞室中打碎后，所有的碎片離子經(jīng)過(guò)質(zhì)量分析器產(chǎn)生一張高分辨的二級(jí)質(zhì)譜圖，通過(guò)提取其中的碎片離子信息即可實(shí)現(xiàn)目標(biāo)肽段的定量。

MRM^HR/PRM VS WB

應(yīng)用范圍
目標(biāo)蛋白質(zhì)/肽段相對(duì)或絕對(duì)定量，蛋白質(zhì)翻譯后修飾的定性定量研究。
（1）定量蛋白質(zhì)組學(xué)（iTRAQ、label-free、SILAC）后，目標(biāo)蛋白需驗(yàn)證
（2）要做WB，卻苦于沒(méi)有抗體
（3）有多個(gè)蛋白質(zhì)需同時(shí)定量
（4）功能研究中涉及到蛋白質(zhì)定量
在應(yīng)用時(shí)，一方面，使蛋白質(zhì)驗(yàn)證不再受制于商業(yè)化抗體，可以應(yīng)用于多種非模式生物。另一方面，使抗體驗(yàn)證能夠高通量的在大規(guī)模生物樣本上進(jìn)行，提高實(shí)驗(yàn)效率。
應(yīng)用舉例
（1）肽段相對(duì)/絕對(duì)定量
案例中使用靶向的SRM技術(shù)（與PRM思路操作基本一致），利用已知濃度內(nèi)標(biāo)肽段做標(biāo)準(zhǔn)曲線，實(shí)現(xiàn)未知樣品中目標(biāo)肽段的絕對(duì)定量。
Reference:
https://skyline.ms/wiki/home/software/Skyline/page.view?name=tutorial_absolute_quant
（2）蛋白相對(duì)定量
文章利用標(biāo)準(zhǔn)蛋白和復(fù)雜生物樣品，對(duì)PRM技術(shù)進(jìn)行了細(xì)致地評(píng)估，并采用Scheduled方法提高檢測(cè)通量，顯示出PRM技術(shù)的巨大應(yīng)用前景。
Reference:
Multiplexed, Scheduled, High-Resolution Parallel Reaction Monitoring on a Full Scan QqTOF Instrument with Integrated Data-Dependent and Targeted Mass Spectrometric Workflows. Anal Chem 2015, 87(20): 10222-10229
（3）蛋白磷酸化修飾定量
文章中通過(guò)定量磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)得到癌癥病人樣品中的蛋白磷酸化的變化，然后用PRM技術(shù)對(duì)挑出的目標(biāo)蛋白磷酸化位點(diǎn)的變化進(jìn)行更精準(zhǔn)地定量和驗(yàn)證。
Reference:
Phosphoproteins in extracellular vesicles as candidate markers for breast cancer. Proc Natl Acad Sci U S A 2017, 114(12): 3175-3180

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