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客戶文獻解讀| IF=7.7, 組學揭秘氧化石墨烯暗藏的抗菌機制

信息來源：金開瑞作者：genecreate 發布時間：2020-06-01 17:00:41

熱烈祝賀河北科技師范學院陳教授及其團隊研究成果榮登Environmental Science Nano（IF=7.7，中科院1區）

題目：Metabonomics-assisted label-free quantitative proteomic and transcriptomic analysis reveals novel insights into the antifungal effect of graphene oxide for controlling Fusarium graminearum

期刊：Environmental Science Nano

影響因子：7.7

合作技術：Label-free

研究背景

真菌病原體禾谷鐮刀菌（Fusarium graminearum，FG）是鐮刀菌枯萎?。?Fusarium head blight，FHB）的病原體，鐮刀菌是一種影響小麥和其他谷物（例如玉米）生產的全球性嚴重植物病。FG不僅造成作物產量和品質的重大損失，而且還會產生霉菌毒素，幾乎破壞了受感染田間生產的所有谷物。傳統上，最有效的方法是使用殺真菌劑（如多菌靈）進行化學控制，但是，農業中長期過度使用化學藥品已經引起了許多嚴重的問題，包括增加的真菌抗性，化學殘留物以及對環境和健康的危害。真菌對某些傳統殺真菌劑產生的抗性使控制真菌的生長更加困難，鑒于當前控制措施的局限性以及FHB 對重要經濟作物的嚴重影響，開發有效控制這些疾病的替代劑已迫在眉睫。

氧化石墨烯（Graphene oxide，GO）作為一種新型的抗植物病原體的抗菌劑開始被研究，并且被認為在農業科學中具有巨大的發展前景。之前已有文章對GO的抗菌作用進行了研究，然而對于GO的抗真菌模式仍然未知。

為了探究GO的抗菌機制，作者利用轉錄組，蛋白質組學和代謝組學技術，系統地研究了GO對重要的植物病原真菌禾谷鐮孢（FG）菌株PH-1的抗真菌活性，探討其抗菌機制，以便更好的利用G0服務農業生產和改善環境。

實驗思路

實驗結果

1. GO處理可以減少FG菌株PH-1的分支和生物量

用GO處理FG菌株PH-1，通過對菌絲分支和生物量的統計，發現隨著GO濃度的增加，菌絲分支和菌絲體生物量都有明顯的減少，說明GO影響菌株的生長和發育。

圖1 菌絲分支/生物量隨GO濃度變化

2. 菌絲體在GO處理后喪失了細胞膜結構的完整性

作者利用SEM和TEM觀察菌絲體對GO處理的超微結構變化。根據SEM圖像觀察到對照中的菌絲體保持了其膜結構的完整性，大多數菌絲體在GO處理后喪失了其細胞完整性，并變得伸長或扁平化。同時TEM圖像顯示，GO處理后，菌絲體細胞壁的電子密度降低，細胞壁分層不明顯。此外，GO處理的菌絲體細胞中有更多的大隔室；還可以看出GO處理后菌絲中存在許多液泡，并且可以觀察到膜融合的現象，這可能是由于GO處理引起的細胞膜通透性的變化。先前的研究表明，由于石墨烯與脂質分子之間的強相互作用，GO可以從大腸桿菌膜中破壞性提取磷脂。由此，可以推測GO可以幫助從菌絲體中破壞性提取磷脂并影響膜通透性，從而導致胞質外滲，繼而在處理過的菌絲中形成較大的隔室。

圖2 GO處理后的SEM 與TEM 圖像信息

3. 定量RT-PCR揭示GO濃度對菌株的影響

作者進一步檢測了與菌絲體發育和分支相關的幾個基因的表達水平，并且進行應激相關基因的表達檢測。通過改變GO濃度，檢測了septins，Pods，MAP激酶和Myo2等與菌絲體的發育和分支密切相關的基因，發現隨著GO濃度的升高，這些基因的表達量明顯降低；與應激相關的基因uspA1，uspA2和Sim表達量隨濃度的升高有明顯的升高；抑制細胞增殖的基因RAS2，隨著GO濃度增加表達量也逐步增加。諸如此類，這些基因表達量的變化均表明GO處理能降低菌株細胞活力，減少菌株菌絲體的分支和生物量。

圖3 RT-PCR檢測相關基因表達

4. 蛋白質組學要說的故事

a) 通過Label-free無標記定量蛋白質組學，作者發現不同GO濃度處理，從根本上改變了菌株的基因本體條目，使菌株體蛋白表達水平發生了大的變化。其中，與細胞、代謝過程、細胞結構相關、催化活性、細胞過程等相關的蛋白質，以及應激蛋白和膜封閉蛋白的變化較為明顯。

b) 通過對差異蛋白的分析聚類，作者發現這些蛋白質主要參與能量、糖、氨基酸和N-聚糖的生物合成、脂肪酸代謝等途徑。這些結果表明GO處理影響離子通道以及核苷酸和脂質代謝蛋白，這與菌絲體脫水，DNA和RNA含量降低以及細胞壁合成密切相關。這一發現與表型結果一致。

c) 此外，作者進一步分析這些差異蛋白，發現部分差異蛋白的變化對維持菌株的生命活性起著重要的作用。即為了在不同濃度的GO處理下存活，FG菌株PH-1可能會降低蛋白質表達以及某些不必要的生理和生化反應，這一現象值得進一步研究。

d) 差異蛋白 KEGG富集分析結果表明，GO處理導致FG菌株PH-1中與組氨酸代謝有關的蛋白質蓄積，這可能是GO在FG菌株PH-1上的抗真菌反應之一，而對組織特異性模塊中蛋白質的COG分析表明，參與脂質合成的蛋白質減少可能是GO對FG菌株PH-1的另一種抗真菌反應。

圖4 對照組與GO處理菌株FG株pH-1的蛋白質組學比較分析

圖5 不同濃度氧化石墨烯處理的FG株PH-1蛋白表達層次聚類分析

圖6 COG分析

5. 代謝組學分析

最后作者從代謝組學分析結果中發現，GO處理后海藻糖含量增加，而海藻糖被認為是真菌的主要碳源，并且是發芽初期真菌中的重要抗應激物質，表明海藻糖可當作禾谷鐮刀菌響應GO處理的一種生物標志物。GO處理后組氨酸的含量增加，也表明FG遭受GO誘導的應激。此外，作為真菌細胞壁的重要成分，脂質在GO處理后含量顯著下降。這可能會導致細胞壁成分減少，從而導致細胞壁不健康。這與作者的SEM和TEM觀察結果一致。

圖7代謝組學分析

小結

在這項工作中，作者研究了GO在基因、蛋白質組和代謝水平三個層面上抑制FG菌株PH-1的生長和分支的分子抗真菌機制。在基因水平上，基因的異常表達會抑制菌絲體的分支和成熟，從而降低菌絲體的生物量；在代謝水平上， GO處理能引起代謝途徑和組氨酸代謝的富集，推測組氨酸代謝可能是GO在蛋白質水平上的抗真菌反應之一，是應激反應的生物標志物；在蛋白水平上，參與細胞壁合成的脂質蛋白的數量在蛋白質水平上降低，影響菌絲體細胞壁合成。通過本次工作，作者提出GO對FG菌株PH-1的抗真菌活性可能是由于該菌株在轉錄、蛋白質和代謝水平上與GO的協同反應，并且這種潛在的抗真菌機制也可能通過使用GO來有效控制其他真菌。未來的研究可以在生物測定中加入其他重要的植物病原菌，擴大氧化石墨烯的抗真菌活性譜。此外，將現有的殺菌劑與氧化石墨烯相結合，研制出具有不同作用模式的新型氧化石墨烯殺菌劑，這可能是控制作物中植物病原體的另一種有效途徑。

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