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有問(wèn)有答| 一起探討基因合成、引物測(cè)序相關(guān)問(wèn)題

信息來(lái)源：金開(kāi)瑞作者：genecreate 發(fā)布時(shí)間：2020-07-06 14:21:49

上期講座Q&A

1、非模式菌株也公司可以進(jìn)行密碼子優(yōu)化嗎？表達(dá)基因不也得看宿主嗎？宿主如果是不常用菌株？

答：目前我們的優(yōu)化系統(tǒng)中有常用的幾十種宿主，如果要優(yōu)化的宿主不在系統(tǒng)中，可以去網(wǎng)站中或者文獻(xiàn)中查找對(duì)應(yīng)宿主的密碼子使用頻率表然后導(dǎo)入軟件中優(yōu)化。

2、怎么避免表達(dá)蛋白的移碼突變？

答：目的基因插入載體中選擇酶切位點(diǎn)時(shí)要注意不能移碼，如果選擇的酶切位點(diǎn)不是與載體上閱讀框同框的話，要進(jìn)行補(bǔ)位。

3、移碼突變是怎么產(chǎn)生的？

答：目的基因插入載體中選擇的插入位點(diǎn)與載體上的閱讀框不同框，就會(huì)出現(xiàn)移碼。

4、表達(dá)載體本來(lái)是要轉(zhuǎn)入BL21進(jìn)行表達(dá)的。但是如果轉(zhuǎn)入DH5α中，會(huì)有克隆長(zhǎng)出嗎？

答：會(huì)，表達(dá)載體都是穿梭載體，既可以在克隆菌株中復(fù)制，也可以在表達(dá)宿主中表達(dá)。但長(zhǎng)出的克隆只能復(fù)制質(zhì)粒，不能做表達(dá)。

5、同一質(zhì)粒載體上加入多個(gè)基因在后續(xù)基因前要單獨(dú)加入RBS序列嗎？不是融合表達(dá)，是串聯(lián)共表達(dá)的

答：原核中可以把多個(gè)基因放在一個(gè)啟動(dòng)子下游，這樣會(huì)轉(zhuǎn)錄出一條mRNA鏈，融合表達(dá)。但要注意啟動(dòng)子的強(qiáng)度，串聯(lián)的基因大太，對(duì)一些比較弱的啟動(dòng)子效果會(huì)不太好。大腸桿菌中經(jīng)典的多順?lè)醋泳褪侨樘遣僮髯印?/span>

6、為什么我構(gòu)建的載體搖菌抽提質(zhì)粒，跑瓊脂糖凝膠有時(shí)候會(huì)有一到三條不等的亮帶？

答：正常質(zhì)粒是閉合的雙鏈DNA。在電泳過(guò)程中可能使質(zhì)粒發(fā)生開(kāi)環(huán)，或者由開(kāi)環(huán)解開(kāi)螺旋變成線形。三種構(gòu)像的質(zhì)粒在瓊脂糖電泳的前后順序是超螺旋>線形>開(kāi)環(huán)。

7、表達(dá)基因的密碼子優(yōu)化，就是氨基酸不變，因?yàn)槊總€(gè)氨基酸可以有不同的堿基表達(dá)，變化堿基，可以這樣理解？

答：對(duì),密碼子的簡(jiǎn)并性，一個(gè)氨基酸往往對(duì)應(yīng)多個(gè)密碼子。

8、雙酶切位點(diǎn)后變成線性質(zhì)粒，跑的比未酶切的質(zhì)粒的快還是慢？

答：未酶切的質(zhì)粒在電泳過(guò)程中可能使質(zhì)粒發(fā)生開(kāi)環(huán)，或者由開(kāi)環(huán)解開(kāi)螺旋變成線形。三種構(gòu)像的質(zhì)粒在瓊脂糖電泳的前后順序是超螺旋>線形>開(kāi)環(huán)。雙酶切位點(diǎn)后變成線性質(zhì)粒，電泳速率與未酶切的質(zhì)粒的線型狀態(tài)基本一致。

劃重點(diǎn)

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2昨晚講的轉(zhuǎn)化實(shí)驗(yàn)，pcr實(shí)驗(yàn)和q-pcr實(shí)驗(yàn)不會(huì)的老師可以進(jìn)入實(shí)驗(yàn)教程視頻學(xué)習(xí)～

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