染色體免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是用來研究蛋白質與DNA是否在體內存在相互作用的一項技術，在表觀遺傳學中應用十分廣泛。該技術主要是利用抗原抗體特異性結合的特性，將與目的蛋白相結合的DNA片段沉淀下來。

    在這個實驗中，交聯和抗體是影響實驗結果的兩大因素。前者操作不當會導致超聲破碎效果不好從而DNA片段過長，可能會對后續的測序和數據分析產生不利影響，例如測序困難、覆蓋度下降從而降低測序的可靠性和分析結果的準確性、數據解讀困難等等。而后者，主要影響富集的效率及可用數據的質量。這一步對整個實驗來說意義重大，因此抗體的特異性尤為重要。

    首先，選擇ChIP級別的抗體是做該實驗的基礎。ChIP相對于IP多出了甲醛交聯的過程，同時甲醛會在DNA和蛋白質、蛋白和蛋白的氨基/亞氨基之間形成共價鍵，ChIP級抗體能識別此狀態的目的蛋白。

    其次，從特異性角度來說，單克隆抗體識別靶蛋白上的單一表位，相較多克隆抗體通常表現出更高水平的特異性、低非特異性結合和低背景信號。當然，單抗也不是完美的。ChIP實驗主要還是體內環境多一些，除了目的蛋白還會存在很多其他染色質相關蛋白，而“交聯”這個步驟，可能導致單抗的識別位點被掩蔽，不能有效結合目的蛋白。在這方面，多抗則有更大幾率避免這類情況發生。多抗可以識別靶蛋白上的多個表位，即使有些表位被掩蔽，也可以更有效地檢測靶標。相對地，多表位也意味著非特異性結合的增多。因此，單抗多抗各有優劣，需要根據實際情況來選擇。

    那么，從什么渠道找ChIP抗體更迅速、準確、可靠呢？我們給大家總結了三種方式。

01、通過cistrome數據庫來查詢

    cistrome數據庫共收錄了56464人和小鼠的轉錄因子、組蛋白修飾和染色質可及性樣本，是目前研究ChIP-seq和DNase-seq較為全面的一個數據庫。

首先，進入cistrome網站：

以人源轉錄因子“ARID1A”為例，進行搜索：

    一般來說，綠色越多說明這個實驗的數據越可靠，選擇全部是綠色的數據進行參考較為有意義。在沒有全綠的情況下，可以看代表富集效率的第四項是否為綠色，若是綠色的也可參考。

先選擇全綠的一項：

    可以看到這個實驗數據來源哪一篇文章以及生物樣本類型，可跳轉到PubMed。材料和方法部分會注明ChIP抗體的貨號。

02、通過華美生物、CST等抗體官網搜索

    通過華美生物、CST等抗體官網搜索，看產品是否有ChIP應用，及引用的文獻數量。在能應用于ChIP實驗的基礎上，參考的文獻越多越有選擇的價值。

以人源轉錄因子“HIST1H1C”為例，進入華美官網。搜索：

    進行篩選后，能看到ChIP抗體數量以及相關文章信息，還可以直接跳轉到文章，了解和參考前人的實驗思路和結果呈現方式。

    像這樣具體到某個抗體官網來進行搜索可能有些麻煩，這里有一個網站CiteAb。其號稱是世界最大的抗體搜索引擎，囊括了600+萬種抗體、332家試劑及抗體供應商、400+萬文獻引用；搜索結果可根據抗體被引用的文獻次數來排序，對于選擇困難癥的同學來說可謂是十分方便的一個途徑。比起去某個官網查找，這個網站更全面、快捷，十分推薦使用。

03、在文獻搜索引擎里，以關鍵詞“目標蛋白+ChIP”進行檢索

    在文獻搜索引擎里，以關鍵詞“目標蛋白+ChIP”進行檢索，看文章里的抗體來源。

還是以“ARID1A”為例，進入文獻檢索平臺，輸入關鍵詞：

    以上，就是找尋ChIP抗體的方法。簡而言之，盡量選擇有文獻支撐的抗體來使用。

    當然了，也不是所有的蛋白都有ChIP抗體。實在是沒有針對目標蛋白的ChIP抗體時，也可以考慮從標簽抗體入手。不過標簽抗體的特異性不是很高，富集效果可能沒有特異性抗體好，這一點需要提前考慮到。若不想選擇標簽抗體，也可以退而求其次，選擇針對目標蛋白的IP、IF級別的抗體。

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