【盤點】Label-free近期高分文獻匯總
信息來源：金開瑞 作者：genecreate 發布時間：2019-05-17 08:50:43
非標定量法（Label-Free）是一種非常重要的質譜定量方法，通過比較質譜分析次數或質譜峰強度，分析不同來源樣品蛋白的數量變化。該技術操作簡單，無需昂貴的同位素標簽做標記，可用于大規模數量樣本檢測，從而廣受科研工作者的推崇。
近年來，應用Label-free技術的文獻數量一直呈上升趨勢，出現在Nature、Cell等頂級刊物上的文章也層出不窮，且表現出大規模樣品蛋白質組學多用Label-free技術的態勢。
這里，小編為大家盤點了幾篇近期發表使用Label-free定量蛋白質組學方法的高分文獻，供大家參考。
Proteomics identifies new therapeutic targets of early-stage hepatocellular carcinoma. Transplantation. 2019 May.
該研究通過對中山醫院手術切除的肝細胞癌及配對癌旁組織進行蛋白組學和磷酸組學分析，提出早期肝細胞癌的蛋白質組學分層方法，并發現一種稱作甾醇O-酰基轉移酶1（SOAT1）其表達水平與肝癌患者較差的預后密切相關。研究從蛋白組學角度發現可疑腫瘤相關蛋白，找到了肝細胞癌精準治療的潛在新靶點，為發展新型抗癌藥物提供了重要基礎。
NUFIP1 is a ribosome receptor for starvation-induced ribophagy. Science. 2018 May.
mTORC1和AMPK作為主要代表的能量感受調節器，和溶酶體具有非常親密的聯系。本研究對快速分離的溶酶體進行定量蛋白質組分析，發現營養水平和mTOR可對溶酶體蛋白質組進行動態調節。抑制mTORC1后，NUFIP1重分布到自噬體和溶酶體，并與核糖體相互作用，通過與微管相關蛋白1A/1B輕鏈3的直接結合將其轉運到自噬體從而使其降解，提示NUFIP1是選擇性核糖體自噬的受體。
A Map of Protein-Metabolite Interactions Reveals Principles of Chemical Communication. Cell. 2018 Jan.
作者利用一種新的方法“組學（omics）---相互作用組學（interactomics）”來發現細菌細胞中的蛋白和小的代謝分子之間之前未知的相互作用，為現有的“組學”增加了另一個層次。他們首次在全蛋白質組水平上系統地分析和定量確定所有蛋白與代謝物（小的代謝分子）之間的相互作用，并建立它們之間的關系。這項研究可以用于測試藥物與細胞蛋白之間的相互作用并確定藥物的作用靶標，從而促進和加速新藥的測試和開發。
Prospective Isolation and Characterization of Genetically and Functionally Distinct AML Subclones. Cancer Cell.. 2018 Oct
為解決腫瘤治療中克隆進化所導致的腫瘤異質性，作者對原發性急性髓系白血病(AML)樣本進行了label-free定量蛋白質組學研究，鑒定出50個白血病濃縮的質膜蛋白，從個體患者中分離出基因上不同的亞克隆。通過RNA測序、DNaseⅠ超敏位點定位、轉錄因子占位分析、體外培養和異種移植物移植，發現亞克隆在調節表型、藥物敏感性、生長和植入行為等方面存在差異，可以用于識別和縱向跟蹤患者在常規診斷中的不同的白血病克隆。
Proteomics reveals signal peptide features determining the client specificity in human TRAP-dependent ER protein import. Nat Commun. 2018 Sep.
本文通過SiRNA技術在人細胞中構建Sec61和TRAP敲除細胞模型，通過Label free 蛋白組學技術分析差異蛋白，尋找TRAP依賴性多肽，并在細胞模型和CDG病人細胞中進行WB和qPCR驗證。結果發現6種潛在TRAP-依賴性client（ACP, PPIC, TMED5, Dad1, Ost48, Stt3b）和2種額外前體蛋白（Calreticulin, Sil1）。而TRAP作為一種ER胞質面膜受體，信息傳遞給Sec61a開啟Sec61通道，協助這些蛋白完成ER轉運。
A time-resolved multi-omic atlas of the developing mouse stomach. Nat Commun. 2018 Nov.
作者描繪了小鼠胃發育過程蛋白質和 mRNA 水平全景圖，確定了胃發育過程中三個不同階段。將蛋白質組學和轉錄組學數據結合在一起，檢測和驗證可能對胃發育有根本影響的可變剪接轉錄本。通過比較胃發育的蛋白質組學特征與彌漫型胃癌的蛋白質組學特征，發現顯著數量的途徑調節因子，特別是在DGC中上調或經常突變的轉錄因子，在胃發育期間也差異表達，證明了胃癌和胃發育之間存在相關性。
Quantitative metaproteomics of medieval dental calculus reveals individual oral health status. Nat Commun. 2018 Nov
該研究通過運用宏蛋白質組學的方法，對丹麥Tjærby墓地考古發掘出的21個個體的牙菌斑進行了分析，鑒定和量化其中的人體、細菌和膳食蛋白質。研究顯示，特定的蛋白特征可以區分健康個體和更易罹患口腔疾病的個體。這一結果表明宏蛋白質組學有助于對古代人群的人體健康實現更全面的重建。
Spatiotemporal changes of the phagosomal proteome in dendritic cells in response to LPS stimulation. Mol Cell Proteomics. 2019 Feb.
本研究采用label-free定量蛋白質組學的方法測定脂多糖(LPs)刺激骨髓源性DCS的變化，從而研究DC噬菌體成熟過程中蛋白質組學變化。發現LPS處理的DCS中吞噬細胞成熟所涉及的蛋白質含量降低， 同時新發現了一些與DCS的活化狀態有關的蛋白質。該研究全面的概述了DCS在LPS的刺激下如何改變其吞噬體的組成，這對啟動有效的免疫反應有深遠的影響。
The Old and the New: Discovery Proteomics Identifies Putative Novel Seminal Fluid Proteins in Drosophila. Mol Cell Proteomics. 2019 Mar.
作者應用label-free定量蛋白質組學技術，對黑腹果蠅近親果蠅的副腺蛋白組和分泌體進行了鑒定，并利用該數據集對已知的和推測的精漿蛋白（SPFs）進行了鑒定。結果鑒定出163個推測的SFPs，其中32%與黑腹果蠅已鑒定的SFPs重合，表明已知胞外注釋的SFPs比由副腺產生或包含在副腺內的其他蛋白質進化得更快。該研究結果將進一步了解SFPs的進化和介導兩性生殖健康的潛在男性附屬腺蛋白。
Investigating Lactococcus lactis MG1363 Response to Phage p2 Infection at the Proteome Level. Mol Cell Proteomics. 2019 Apr.
本研究使用無標記定量蛋白質組學技術Label-free來揭示乳酸乳球菌MG1363在噬菌體p2感染過程中的蛋白質組類型，在不同的感染階段表征細菌和病毒蛋白質組，并使用CRISPR-Cas9技術選擇特定的細菌基因進行敲除，以研究它們參與噬菌體復制的過程。這種高通量和基于發現的研究提供了蛋白質組水平的噬菌體感染的全面視圖，為將來研究噬菌體-宿主相互作用鋪平了道路。
金開瑞現提供Label-free定量蛋白質組學技術服務，可應用于藥物作用靶點研究、疾病標志物篩選、植物脅迫/抗逆研究、作用機制研究、物種蛋白質草圖構建等。現已助力客戶文獻發表多篇文章，單篇影響因子高達20+（biu~ biu~ biu~，IF=20+，又一篇高分文章來襲！）
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